CData Connect AI 経由でPostgreSQL インターフェースからリアルタイムの FHIR のデータに接続

Dibyendu Datta
Lead Technology Evangelist

CData Connect AI で FHIR へのリアルタイム接続を作成し、PostgreSQL からFHIR のデータに接続できます。

インターネット上には数多くのPostgreSQL クライアントがあります。PostgreSQL はデータアクセスのための一般的なインターフェースです。PostgreSQL をCData Connect AI と組み合わせることで、PostgreSQL からリアルタイムのFHIR のデータにデータベースのようにアクセスできます。この記事では、Connect AI でFHIR のデータに接続し、TDS foreign data wrapper（FDW）を使用してConnect AI とPostgreSQL 間の接続を確立するプロセスを説明します。

CData Connect AI は FHIR 専用のSQL Server インターフェースを提供し、ネイティブでサポートされているデータベースにデータをレプリケートすることなく FHIR のデータをクエリできます。最適化されたデータ処理を標準で使用し、CData Connect AI はサポートされているすべてのSQL 操作（フィルター、JOIN など）を FHIR に直接プッシュし、サーバーサイド処理を活用して必要なFHIR のデータを迅速に返します。

Connect AI で FHIR に接続

CData Connect AI は、シンプルなポイント＆クリック操作でデータソースに接続できるインターフェースを提供しています。

Connect AI にログインして「Sources」をクリックし、 Add Connection をクリックします

Add Connection パネルから「FHIR」を選択します

FHIR への接続に必要な認証プロパティを入力します。
URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

Service Base URL のサンプル
- 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
- Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
- AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
- Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/
汎用FHIR インスタンス

CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。
Save & Test をクリックします
Add FHIR Connection ページの「Permissions」タブに移動し、ユーザーベースの権限を更新します。

Personal Access Token の追加

REST API、OData API、またはVirtual SQL Server 経由でConnect AI に接続する場合、Personal Access Token（PAT）を使用してConnect AI への接続を認証します。アクセス管理の粒度を維持するために、サービスごとに個別のPAT を作成することをお勧めします。

Connect AI アプリの右上にある歯車アイコン（）をクリックして設定ページを開きます。
Settings ページで「Access Tokens」セクションに移動し、 Create PAT をクリックします。
PAT に名前を付けて「Create」をクリックします。
Personal Access Token は作成時にのみ表示されるため、必ずコピーして安全な場所に保存してください。

接続の設定とPAT の生成が完了したら、PostgreSQL からFHIR のデータに接続する準備が整いました。

TDS Foreign Data Wrapper のビルド

Foreign Data Wrapper は、PostgreSQL を再コンパイルすることなく、PostgreSQL の拡張機能としてインストールできます。例として tds_fdw 拡張機能を使用します（https://github.com/tds-fdw/tds_fdw）。

以下のようにgit リポジトリをクローンしてビルドできます：
```
sudo apt-get install git
git clone https://github.com/tds-fdw/tds_fdw.git
cd tds_fdw
make USE_PGXS=1
sudo make USE_PGXS=1 install
```
注意：複数のPostgreSQL バージョンがあり、デフォルト以外のバージョン用にビルドする場合は、まずpg_config のバイナリの場所を見つけてフルパスをメモし、make コマンドでUSE_PGXS=1 の後にPG_CONFIG= を追加します。
インストールが完了したら、サーバーを起動します：
```
sudo service postgresql start
```
次に、Postgres データベースに入ります
```
psql -h localhost -U postgres -d postgres
```
注意：localhost の代わりにPostgreSQL がホストされているIP を指定することもできます。

PostgreSQL データベースとしてFHIR のデータに接続し、データをクエリ！

拡張機能をインストールした後、以下の手順に従ってFHIR のデータへのクエリを開始します：

データベースにログインします。
データベース用の拡張機能をロードします：
```
CREATE EXTENSION tds_fdw;
```

FHIR のデータ用のサーバーオブジェクトを作成します：

CREATE SERVER "FHIR1" FOREIGN DATA WRAPPER tds_fdw OPTIONS (servername'tds.cdata.com', port '14333', database 'FHIR1');

Connect AI アカウントのメールアドレスとPersonal Access Token を使用してユーザーマッピングを設定します：
```
CREATE USER MAPPING for postgres SERVER "FHIR1" OPTIONS (username '[email protected]', password 'your_personal_access_token' );
```
ローカルスキーマを作成します：
```
CREATE SCHEMA "FHIR1";
```

ローカルデータベースに外部テーブルを作成します：

#table_name 定義を使用：

CREATE FOREIGN TABLE "FHIR1".Patient  (
id varchar,
[name-use] varchar)
SERVER "FHIR1"
OPTIONS(table_name 'FHIR.Patient', row_estimate_method 'showplan_all');

#またはschema_name とtable_name 定義を使用：

CREATE FOREIGN TABLE "FHIR1".Patient (
id varchar,
[name-use] varchar)
SERVER "FHIR1"
OPTIONS (schema_name 'FHIR', table_name 'Patient', row_estimate_method 'showplan_all');

#またはquery 定義を使用：

CREATE FOREIGN TABLE  "FHIR1".Patient (
id varchar,
[name-use] varchar)
SERVER "FHIR1"
OPTIONS (query 'SELECT * FROM FHIR.Patient', row_estimate_method 'showplan_all');

#またはリモートカラム名を設定：

CREATE FOREIGN TABLE "FHIR1".Patient (
id varchar,
col2 varchar OPTIONS (column_name '[name-use]'))
SERVER "FHIR1"
OPTIONS (schema_name 'FHIR', table_name 'Patient', row_estimate_method 'showplan_all');

これで、FHIR に対して読み取り/書き込みコマンドを実行できます：
```
SELECT id, [name-use]
FROM "FHIR1".Patient;
```

詳細情報と無償トライアル

これで、リアルタイムのFHIR のデータからシンプルなクエリを作成できました。FHIR（およびその他200以上のデータソース）への接続の詳細については、Connect AI ページをご覧ください。無償トライアルに登録して、今すぐPostgreSQL でリアルタイムのFHIR のデータを活用してみてください。

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