JayDeBeApi を使って Python からFHIR のデータにアクセス

Python と Java がインストールされている環境であれば、Python スクリプトと標準 SQL を使ってFHIR のデータにアクセスできます。CData JDBC Driver for FHIR と JayDeBeApi モジュールを組み合わせることで、Python からリモートのFHIR のデータを操作できます。CData ドライバーを使用することで、業界標準に準拠した実績のあるドライバーを Python という人気の高い言語で活用できます。この記事では、ドライバーを使って FHIR に SQL クエリを実行し、標準的な Python でFHIR のデータを可視化する方法を説明します。

JayDeBeApi モジュールを使用

JayDeBeApi は、JDBC（Java Database Connectivity）のブリッジとして機能する Python ライブラリで、Python プログラムから CData JDBC ドライバーを含む Java データベースとやり取りできるようになります。pip install コマンドでモジュールをインストールします。

pip install JayDeBeApi

JDBC URL を作成

JayDeBeApi をインストールしたら、SQL を使って Python からFHIR のデータを操作する準備が整います。

URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

Service Base URL のサンプル

• 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
• Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
• AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
• Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

汎用FHIR インスタンス

CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。

ビルトイン接続文字列デザイナー

JDBC URL の作成には、FHIR JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナーを使用してください。JAR ファイルをダブルクリックするか、コマンドラインから実行します。

java -jar cdata.jdbc.fhir.jar

接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。

以下は、一般的な JDBC 接続文字列を含む変数の例です。

jdbc_url = "jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;"

Python からFHIR のデータにアクセス

JDBC URL を設定したら、あとは JDBC ドライバーの JAR ファイルへの絶対パスだけが必要です。これはインストールディレクトリの "lib" フォルダにあります（Windows では "C:\Program Files\CData[product_name] 20XX\lib\cdata.jdbc.fhir.jar"）。

注意: まだ設定していない場合は、JAVA_HOME 環境変数を Java のインストールディレクトリに設定してください。

以下のようなコードで FHIR からデータを読み取り、表示できます。

import jaydebeapi

#The JDBC connection string
jdbc_url = "jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;"

username = "****"
password = "****"

#The absolute Path to the JDBC driver JAR file, typically:
jdbc_driver_jar = "C:\Program Files\CData[product_name] 20XX\lib\cdata.jdbc.fhir.jar"

conn = jaydebeapi.connect(
   "cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver",
   jdbc_url,
   [username, password],
   jdbc_driver_jar,
)

cursor = conn.cursor()
cursor.execute("SELECT * FROM Patient;")


results = cursor.fetchall()
for row in results:
    print(row)

cursor.close()
conn.close()

無料トライアルと詳細情報

CData JDBC Driver for FHIR の 30 日間無料トライアルをダウンロードして、Python でリアルタイムのFHIR のデータを操作してみてください。ご不明な点がございましたら、サポートチームまでお問い合わせください。