Pentaho Data Integration でFHIR のデータを連携

CData JDBC Driver for FHIR を使用すると、データパイプラインからリアルタイムデータにアクセスできます。Pentaho Data Integration は、ETL（Extraction, Transformation, and Loading）エンジンであり、データをクレンジングし、アクセス可能な統一フォーマットでデータを格納します。この記事では、FHIR のデータ に JDBC データソースとして接続し、Pentaho Data Integration で FHIR のデータ をベースにしたジョブやトランスフォーメーションを構築する方法を説明します。

FHIR への接続を設定

URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

Service Base URL のサンプル

• 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
• Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
• AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
• Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

汎用FHIR インスタンス

CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。

組み込みの接続文字列デザイナー

JDBC URL の構築を支援するには、FHIR JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナーを使用してください。JAR ファイルをダブルクリックするか、コマンドラインから JAR ファイルを実行します。

java -jar cdata.jdbc.fhir.jar

接続プロパティを設定し、接続文字列をクリップボードにコピーします。

JDBC URL を設定する際には、Max Rows 接続プロパティの設定も検討してください。これにより返される行数が制限され、レポートやビジュアライゼーションの設計時にパフォーマンスを向上させることができます。

一般的な JDBC URL は次のようになります：

jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;

接続文字列を保存して、Pentaho Data Integration で使用します。

Pentaho DI から FHIR に接続

Pentaho Data Integration を開き、「Database Connection」を選択して CData JDBC Driver for FHIR への接続を設定します。

1. 「General」をクリックします。
2. Connection name を設定します（例：FHIR Connection）。
3. Connection type を「Generic database」に設定します。
4. Access を「Native (JDBC)」に設定します。
5. Custom connection URL に FHIR の接続文字列を設定します（例：
   

   jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;

   ）。
6. Custom driver class name を「cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver」に設定します。
7. 接続をテストし、「OK」をクリックして保存します。

FHIR のデータパイプラインを作成

CData JDBC Driver を使用して FHIR への接続が設定されたら、新しいトランスフォーメーションまたはジョブを作成する準備が整いました。

1. 「File」>>「New」>>「Transformation/job」をクリックします。
2. 「Table input」オブジェクトをワークフローパネルにドラッグし、FHIR 接続を選択します。
3. 「Get SQL select statement」をクリックし、Database Explorer を使用して利用可能なテーブルとビューを表示します。
4. テーブルを選択し、必要に応じてデータをプレビューして確認します。

ここから、適切な同期先を選択し、レプリケーション中にデータを変更、フィルタリング、その他の処理を行うトランスフォーメーションを追加することで、トランスフォーメーションまたはジョブを続行できます。

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